La prueba del cromosoma Y de ADN puede ser usado en ciertos casos cuando una prueba de ADN normal de paternidad no puede ser hecha. La cromosoma Y esta presente solamente en hombres y pasa a través del linaje del hombre a la familia, esto es del padre al hijo, al nieto y así sucesivamente. Por lo tanto determinar ya sea que dos hombres tengan el mismo cromosoma Y ayudara a determinar su relación biológica. La prueba de ADN puede ser aplicada para probar entre dos primos varones, abuelo o nieto, tíos y sobrinos etc.
Lo única variación de esta análisis de ADN es que la prueba no señalara quien exactamente es el padre, en el caso en que los hombres sean parientes sean posibles padres (eje. Dos hermanos) pero confirmara que que son biológicamente compatibles o no. Los resultados por lo tanto deben ser interpretados dentro de las circunstancias del caso y de otras posibles pruebas de ADN hechas con otros miembros de la familia.
Prueba del Cromosoma Y en casos de Infidelidad.
La prueba del cromosoma Y del ADN puede ser usada en casos de infidelidad para confirmar si el rastro biológico es hombre o mujer. Como solo los hombres tienen el cromosoma Y puede ser usado para determinar si por ejemplo, si las manchas fueron encontradas en la ropa interior de un hombre o mujer. El perfil del ADN obtenido puede luego ser comparado con el donante si la muestra esta disponible para una prueba de ADN. La aplicación de esta prueba de ADN también se extiende a otras áreas del trabajo de ADN forense tales como en el análisis de una prueba de una escena de crimen.
La prueba de la cromosoma Y esta ganando popularidad para estudios de Genealogía de ADN, ya que la prueba puede ayudar a determinar el linaje de un hombre dentro de la familia. Esta prueba por lo tanto puede ayudar a rastrear personas con el mismo apellido para ver si tienen descendentes en común.